மதுகேஸ்வரா கோயில் பல சிறப்புகளுக்கு சொந்தமானது . இங்குள்ள ஒரே கல்லாலான நந்தி மற்ற கோயில்களை போல் அல்லாமல், அதனுடைய தலை சற்று திரும்பிய நிலையில் காணப்படும். அது தன்னுடைய இடக் கண்ணால் சிவலிங்கத்தையும், வலக் கண்ணால் பார்வதி தேவி சந்நிதானத்தையும் பார்த்துக் கொண்டிருக்கும்.
மேலும் இந்த கோயிலின் நரசிம்ம மூர்த்தி சிலையும் மற்ற கோயில்களில் இருப்பது போல் இல்லாமல் இரண்டு கைகளுடன் காட்சியளித்துக் கொண்டிருக்கும்.
அதேபோல் பாதி சிலையுடன் அமைந்திருக்கும் அந்தார கணபதி சன்னதி மிகவும் வித்யாசமானது. அந்த சிலையின் மறு பாதி வாரணாசியில் இருப்பதாக சொல்லப்படுகிறது.
இதுமட்டுமல்லாமல் படமெடுத்து ஆடுவது போல் 2-ஆம் நூற்றாண்டில் செதுக்கப்பட்ட ஐந்து தலை நாகத்தின் சிற்பம் பயணிகளின் கவனத்தை வெகுவாக கவரும். அந்த சிற்பத்தை உன்னிப்பாக கவனித்தால் அதில் சில கல்வெட்டுகள் பொறிக்கப்பட்டிருப்பதை பயணிகள் காணலாம். இந்த கல்வெட்டு இளவரசர் சிவஸ்கந்த நாகஸ்ரீ காலத்தை சேர்ந்தது.
அதோடு ஒரே கல்லாலான கல் மஞ்சமும், திரிலோக மண்டபமும் இக்கோயிலின் தனிச்சிறப்பு