16-ஆம் நூற்றாண்டில், உஜ்ஜைன் அரசர் விக்ரமாதித்ய மகராஜா அவர்கள் சூனார் அருகே ஒரு கோட்டையைக் கட்டினார். தன் தம்பி ராஜா பர்தாரிக்கு அளிப்பதற்காக இந்தக் கோட்டையை எழுப்பியுள்ளார்.
பிற்காலத்தில், ராஜா பர்தாரி இந்தக் கோட்டையில் தான் ஜீவ சமாதி அடைந்தார். பிறகு சூனார் கோட்டை, இஸ்லாமிய ஆட்சியாளர்களின் முதல் அரசரான பாபரின் கட்டுப்பாட்டிற்குள் வந்தது.
இப்படி ஒவ்வொருவரின் கைக்கு மாறி கடைசியாக பிரிட்டிஷ் கிழக்கிந்திய கம்பெனியின் கட்டுப்பாடிற்குள் வந்தது. பிறகு ஆயுதங்களை தேக்கி வைப்பதற்காக இதனைப் பயன்படுத்திக்கொண்டனர்.
கங்கையைப் பார்த்தவாறு கம்பீரமாக தோற்றமளிக்கும் சூனார் கோட்டை மிகவும் செங்குத்தான சரிவுகளை கொண்ட தோற்றம். ஆகையால் எதிரிகளின் தாக்குதல்களுக்கு சவாலாக அமைந்திருக்கிறது சூனார் கோட்டை.