கோட்டை மாரியம்மன் கோயில், சேலம் நகரின் மத்தியில் அமைந்துள்ள பழம்பெரும் கோயிலாகும். இக்கோயில், திருமணிமுத்தாறு நதிக்கரையில் அமைந்துள்ளது. இது, சேலம் கோட்டையின் காவல் தெய்வமாகக் கருதப்படும் கோட்டை மாரியம்மனுக்காக கட்டப்பட்டதாகும்.
இத்தெய்வம் மழையை கொண்டுவருவதாகக் கூறப்படுவதால், மழை பொய்க்கும் சமயங்களில் பக்தர்கள் இத்தெய்வத்தை வழிபடுவர். இது, இப்பகுதியை ஆண்ட சேரமன்னர்களின் ஆட்சிக்காலத்தின் போது கட்டப்பட்ட கோயிலாகும்.
சேலம் கோட்டைக்கு மிக அருகில் இக்கோயில் கட்டப்பட்டு இருப்பதால், இது இருக்கும் இடம் கோட்டை என்றே வழங்கப்படுகிறது. ஒவ்வொரு வருடமும் ஜீலை மற்றும் ஆகஸ்ட் மாதங்களில் ஒரு வார காலத்திற்கு கொண்டாடப்படும் கோட்டை மாரியம்மன் கோயில் தேர்த்திருவிழா, பலநூறு பக்தர்களை இக்கோயிலுக்கு வரவழைக்கின்றது.