ஜலகண்டேஷ்வரர் கோயில் வேலூர் கோட்டை வளாகத்திற்குள்ளேயே அமைந்துள்ளது. இக்கோயிலில் சிவபெருமான ஜலகண்டேஷ்வரர் எனும் பெயருடன் காட்சியளிக்கின்றார்.
இரண்டு கூடங்களையும் ஒரு கருவறையையும் அதைச்சுற்றி மூடிய பிரகாரப்பாதையையும் இக்கோயில் கொண்டுள்ளது. இவை தவிர சிறு சன்னதிகளும் இக்கோயிலில் நிறைய உள்ளன.
விஜயநகர அரசின் பிற்காலத்தில் இக்கோயில் கட்டப்பட்டிருக்கலாம் என்று சொல்லப்படுகிறது. நீருக்குள் வீற்றிருக்கும் சிவபெருமானுக்கான இந்த ஜலகண்டேஷ்வரர் கோயில் பிரம்மாண்ட மரக்கதவுகளைக்கொண்ட ஒரு உயரமான கோபுரத்துடன் காட்சியளிக்கிறது.
இதில் உலோகத்தாலான தாமரை மலர் அமைப்பும் பொருத்தப்பட்டிருக்கிறது. ஜலகண்டேஷ்வரர் கோயிலில் சில விசேஷமான சிற்பங்களையும் பார்த்து ரசிக்கலாம். ஸ்வாமி சன்னதியின் வெளிச்சுவர் மற்றும் மையக்கூடம் போன்ற இடங்களில் விரிவான கல்வெட்டுகளும் காணப்படுகின்றன.
விரிவான சிற்பக்கலை அம்சங்களுடன் காணப்படும் தூண்களும் பிரதான வாயிலில் அமைக்கப்பட்டிருக்கின்றன. மேலும் கோயில் உட்கூரை மற்றும் தூண்களில் நுணுக்கமான புடைப்புச்சித்திரங்களும் பொறிக்கப்பட்டிருக்கின்றன. இங்குள்ள சுரங்க மண்டபத்திலிருந்து ஒரு சுரங்கப்பாதை பாலாற்றை நோக்கி செல்வதாகவும் சொல்லப்படுகிறது.