மங்களூரில் சர்வதேச விமான நிலையம் அமைந்துள்ளதால் பல உள்நாடு மற்றும் வெளி நாட்டு சேவைகள் இங்கு உண்டு. நகரிலிருந்து வடகிழக்கில் 10 கி.மீ தூரத்தில் பாஜ்பே என்னும் இடத்தில் விமான நிலையம் அமைந்துள்ளது. ஸ்பைச்ஜெட், ஜெட் ஏர்வேஸ், ஏர் இண்டியா போன்ற பல விமான சேவைகள் மங்களூரிலிருந்து கிடைக்கின்றன.