திருத்தணியின் மிக முக்கிய அம்சம் இங்கு அமைந்திருக்கும் திரு சுப்பிரமணியசுவாமி ஆலயம் ஆகும். திருத்தணி முருகன் ஆலயம் என்று அழைக்கப்டும் இந்த ஆலயம் தமிழகத்தின் மிக பிரபலமான ஆலயங்களில் ஒன்றாக விளங்கி வருகிறது.

இந்த ஆலயம் முருகனின் அறுபட வீடுகளில் ஒன்றாகவும் கருதப்படுகிறது. இங்குதான் வேடவர் தலைவரின் மகளான வள்ளியை முருகன் திருமணம் செய்ததாக புராணங்கள் தெரிவிக்கின்றன. தற்போது திருத்தணி இந்து சமயத்தின் முக்கியத் திருத்தலமாக விளங்கி வருகிறது.

இந்த திரு சுப்பிரமணியசுவாமி ஆலயத்திற்கு பல மன்னர்கள் தங்கள் ஆதரவையும் மற்றும் நன்கொடைகளையும் வழங்கி வந்திருக்கின்றனர். குறிப்பாக விஜய நகர மன்னர்கள் மற்றும் ஜமீன்தார்கள் ஆகியோர் இவற்றில் முக்கியமானவர்கள் ஆவர்.

இந்த ஆலயத்தில்தான் நக்கீரர் திருமுருகாற்றுப்படை என்ற காப்பியத்தை எழுதியதாக வரலாறும் உண்டு. 365 படிகளில் ஏறி இந்த ஆலயத்தை அடைய வேண்டும். இந்த 365 படிகள் ஒரு ஆண்டின் 365 நாள்களைக் குறிக்கிறது.

மேலும் இங்கு வள்ளியின் தந்தைக்கு எதிராக முருகன் சண்டை செய்த போது கடவுள் கணபதி இங்கு வந்து முருகனுக்கு உதவி செய்ததாக ஐதீகமும் உள்ளது. அதன் நினைவாக கணபதிக்கு ஒரு ஆலயமும் இங்கு கட்டப்பட்டுள்ளது. இந்த ஆலயத்தில் எப்போதும் இடைவிடாமல் பூஜைகள் நடந்த வண்ணம் இருக்கும்.