செப்டம்பர் மாதம் முதல் மார்ச் வரையான இடைப்பட்ட காலம் குக்கே சுப்ரமண்யா கோயில் ஸ்தலத்துக்கு விஜயம் செய்ய ஏற்ற காலமாகும்.
(மார்ச் முதல் மே வரை): கோடைக்காலத்தில் குக்கே சுப்ரமண்யா கோயில் ஸ்தலம் மிகுந்த வெப்பமுடன் காணப்படுகிறது. இக்காலத்தில் வெப்பநிலை அதிகபட்சமாக பகலில் 35° C என்ற அளவில் உள்ளது. பயணிகள் பெரும்பாலும் கோடைக்காலத்தில் இக்கோயிலுக்கு விஜயம் செய்வதை தவிர்க்கின்றனர்.
(ஜூன் முதல் செப்டம்பர் வரை): மழைக்காலத்தில் குக்கே சுப்ரமண்யா கோயில் ஸ்தலம் மிதமான மழைப்பொழிவை பெறுகிறது.
( நவம்பர் முதல் பிப்ரவரி வரை) : குளிர்காலத்தில் குக்கே சுப்ரமண்யா கோயில் ஸ்தலம் குளுமையுடனும் இனிமையான சூழலுடனும் காணப்படுகிறது. இக்காலத்தில் வெப்பநிலை 15° C என்ற அளவில் உள்ளது. சீதோஷ்ணநிலை குளுமையாக உள்ளதால் இக்காலத்தில் அதிக அளவில் பயணிகள் இந்த கோயிலுக்கு வருகை தருகின்றனர்.