காஞ்சிரப்பள்ளி நகரில் இஸ்லாமிய பெருமக்களும் அதிக எண்ணிகையில் வசித்து வருகிறார்கள். இவர்களில் பெரும்பாலானோர் தென்பாண்டி நாட்டை சேர்ந்த புளியங்குடி மற்றும் தென்காசி பகுதிகளிலிருந்து குமலி மலையின் வழியாக காஞ்சிரப்பள்ளி நகருக்கு புலம்பெயர்ந்து வந்தவர்கள்.
அப்படியாக காஞ்சிரப்பள்ளி வந்து சேர்ந்த இஸ்லாமியர்கள் ஆரம்பத்தில் பிச்சப்பள்ளி மேடு பள்ளியில்தான் வழிபட்டு வந்தனர். அதன் பின்னர் சிறிது நாட்களுக்கு பின்புதான் அவர்கள் இந்த நைனாரு மசூதியை எழுப்பினார்கள்.
இந்த மசூதி ஹிந்துக் கடவுள் ஐயப்பனின் பக்தராக மாறிய ஒரு இஸ்லாமிய துறவியின் நினைவாக உருவாக்கப்பட்டுள்ளது. இங்கு ஆண்டுதோறும் ஆயிரக்கணக்கான இஸ்லாமியர்கள் வந்து செல்வதால் நைனாரு மசூதியும் காஞ்சிரப்பள்ளியின் முக்கியமான யாத்ரீக ஸ்தலங்களில் ஒன்றாக கருதப்படுகிறது.