சென்னையிலுள்ள பழமையான கோயில்களில் வடபழனி முருகன் கோயிலும் ஒன்றாகும். இது தமிழ்நாட்டின் முருகபக்தர்களிடையே வெகு பிரசித்தம். 17ம் நூற்றாண்டின் இறுதியில் அண்ணாசாமி நாயக்கர் எனும் தீவிர முருகபக்தரால் இக்கோயில் கட்டுவிக்கப்பட்டுள்ளது. வறியவரான அவர் ஒரு ஓலைக்குடிசையில் முருகன் சித்திரத்தை வைத்து பூஜித்து வந்துள்ளார்.
தலபுராணக்கதைகளின்படி நாயக்கர் ஒரு நாள் பூஜை செய்துகொண்டிருக்கும்போது அவருள் தெய்வீக சக்தி பரவுவதை உணர்ந்துள்ளார். சொல்வதெல்லாம் சித்திக்கும் சக்தியையும் அக்கணத்திலிருந்து பெற்றதை அவர் அறிந்துகொண்டார்.
இதன்பின்னர் அவர் திருத்தணி சென்று தனது நாக்கினை அறுத்து பலிகாணிக்கையாக செலுத்தி விட்டார். இப்படியாக இவரது கீர்த்தி பரவ ஆரம்பித்து குடிசைக்கோயில் நாளடைவில் சிறிய கோயிலாக மாறி தற்போது நாம் காணும் மிகப்பெரிய கோயிலாக வளர்ச்சியடைந்துள்ளது.
கோயிலுக்கென்று பிரத்யேக தீர்த்தக்குளத்துடனும் பெரிய வளாகத்தை கொண்டதாகவும் வடபழனி முருகன் கோயில் அமைந்துள்ளது. இந்த குளத்து நீருக்கு பிணிதீர்க்கும் குணம் உள்ளதாக ஐதீக நம்பிக்கை உள்ளது. முகூர்த்த நாட்களில் ஏராளமான திருமணங்கள் இக்கோயிலில் நடத்தப்படுகின்றன.