குக்கே சுப்ரமண்யா கோயிலை தரிசிக்க வருகை தரும் பயணிகள் தவறாது விஜயம் செய்யவேண்டிய மற்றொரு அம்சம் இந்த சுப்ரமண்ய மடமாகும். இது சுப்ரமண்யா கோயிலின் தென்கிழக்கு மூலையில் அமைந்துள்ளது. ஷீ மத்துவாச்சாரியார் அவர்கள் தன் சகோதரரும் சீடருமான விஷ்ணுதீர்த்தாச்சாரியாருக்கு இந்த மடத்தை அளித்ததாக சொல்லப்படுகிறது. ஹிந்து மத்வா பிரிவின் துவைத மரபுப்படி இன்றும் இந்த மடம் ஆசாரமான கல்வியை வழங்கி வருகிறது. தத்துவம், கல்வி, சமூகம் போன்ற துறைகளில் தன் செயல்பாடுகளை இந்த மடம் கொண்டுள்ளது.
மேலும் இந்த மடத்தின் நிர்வாகத்தின் கீழ் குக்கே ஷீ அபய கணபதி கோயில், சம்புட நரசிம்ம கோயில், சோமநாத கோயில் மற்றும் ஷீ வனதுர்கா கோயில் போன்றவை நிர்வகிக்கப்படுகின்றன.